（一）提高了托管企业的准入门槛。鉴于会计师事务所及经市级以上部门认定的孵化器建设运营企业自身管理较为完善，拥有履行托管责任义务的能力，继续赋予以上两类企业从事托管服务资格。原登记的集群注册托管公司可以继续从事住所托管服务。
（二）调整了不得申请登记为集群企业的行业负面清单。将“人力资源中介服务”、“食品（含保健食品）”、“再生资源回收和处理”、“机动车维修”、“互联网金融”、“仓储”、“物流”等行业纳入不得申请登记为集群企业的行业负面清单。根据市政府印发的《东莞市莞港澳台科技创新创业联合培优行动计划（2016—2020）》的文件精神，允许经市科技局认定的港澳台创新创业人才设立集群注册港澳台、外资企业，允许在特定场地注册的港澳台、外资企业集群注册。
（三）明确了部分书面托管合同的内容。要求托管合同中应当约定集群企业自愿委托托管企业代理签收、其他单位或个人的公函文书、信函、邮件等。托管企业为集群企业提供税务代理服务的，托管合同应明确涉税文书签收、记账、报税等服务内容及双方法律责任。
（四）加强后续监管措施。包括：（1）建立托管企业季度报告制度。要求托管企业在每季度结束后10天内，向属地登记机关书面报送履行托管义务情况、集群企业联络情况；（2）推行托管企业信息和集群企业名单网站公示制度。在网站上对托管企业登记注册信息、联络方式，集群企业名单及其登记注册信息、许可信息、联络情况及超过1个月无法联络的集群企业名单等信息进行公示。（3）明确登记机关可以暂停托管企业新设集群企业登记业务的几种情形。（4）加强对集群企业地址异常的惩戒。明确对于被列入经营异常名录的集群企业，如果通过变更住所移出经营异常名录的，不得再次登记为集群企业。
（五）其他事项的修改。对集群注册办法中上位法依据及有关表述进行了规范；为便利集群企业批量申请、便捷登记机关批量审核，针对托管企业确需变更住所的情况，通过换发营业执照的方式为集群企业更新执照；以市场主体“联络员”取代“托管企业秘书”；部分条文表述进行了一些其他技术性修改。
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