三是建立食用农产品合格证制度。食用农产品合格证是指食用农产品生产经营者对所生产经营食用农产品自行开具的质量安全合格标识。食用农产品合格证管理是在目前两段制监管体制下连接生产与销售的有效管理方式，是规范农产品生产经营行为的有效途径，也是提升农产品质量安全监管能力的客观需要。2016年，原农业部在河北、黑龙江、浙江、山东、湖南、陕西等6省开展主要食用农产品合格证管理试点，要求生产经营者根据自身条件采取一定的措施：包括自检、委托检测、内部质量控制、索要生产者有关质量安全证明材料、与生产者开展信用合作或自我承诺等等，来确保其产品合格。试点工作取得了积极进展。2019年4月，农业农村部在浙江召开食用农产品合格证试点工作座谈会，贯彻落实中办国办《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》中建立健全食用农产品合格证制度有关精神，研究全面试行的工作方案，将食用农产品合格证制度有力有序向全国推广。但是从试点经验看，由于缺乏上位法依据，全面推进合格证制度存在一定的障碍。因此，需要在法律层面明确食用农产品合格证的法律地位。
四是增设农产品质量安全全程追溯制度，建立全程追溯协作机制。农产品质量安全追溯体系建设是加强农产品质量安全监管的重要抓手。目前农产品追溯管理总体上仍处于起步阶段，各地追溯试点相对分散，追溯内容和要求各式各样，追溯信息不能共享，难以发挥出应有的作用。另外，农产品品种丰富、流通量大，产加销链条长、环节多，现行分段管理模式下，各部门很难做到质量追溯无缝衔接。因此有必要与市场监管部门建立全程追溯协作机制。同时，从发达国家经验看，并不是对所有农产品都实行追溯管理，而大多选取风险隐患高的产品开展追溯。因此，修订草案明确建立农产品质量安全全程追溯制度，对高风险农产品实施强制性追溯。
五是修改完善投诉举报和信用管理等制度，鼓励全社会共同参与。为赋予社会各界对农产品质量安全的监督权利，体现社会共治的理念，修订草案进一步完善了投诉举报制度，并将现行《农产品质量安全法》中有关检举、揭发和控告等用词统一改为投诉举报。现行法中的检举、揭发和控告三个词各有不同的含义，其中检举是指向有关部门或组织揭发违法、犯罪行为，与“举报”的意义类似；控告是指机关、团体、企事业单位和个人向司法机关揭露违法犯罪事实或犯罪嫌疑人，要求依法予以惩处的行为；揭发是将坏人坏事揭露出来。实践中公众对三个词的含义并不能准确把握，其他法律法规中也多数用举报、投诉二词。因此，为与现行其他法律法规保持一致，修订草案统一修改为投诉举报。同时，修订草案增加了信用管理制度。党的十八届四中全会决定提出，要加强社会诚信建设，健全公民和组织守法信用记录，完善守法诚信褒奖机制和违法失信惩戒机制。修订草案要求县级以上人民政府农业农村、市场监督管理等部门应当加强农产品质量安全信用体系建设，建立农业投入品和农产品生产经营主体信用记录，实施农产品质量安全守信联合激励和失信联合惩戒，推进农产品质量安全信用信息的应用和管理。
（四）与相关法律法规紧密衔接
一是修订与新《食品安全法》不衔接、不一致的内容。2015年修订的《食品安全法》，规定食用农产品的市场销售、有关质量安全标准的制定、有关安全信息的公布和本法对农业投入品作出规定的，应当遵守其规定。现行《农产品质量安全法》中，上述四项内容仍然规定由农业部门负责，与改革后的部门职能不相匹配，也与《食品安全法》相冲突。修订草案中对标准制定、投入品管理、信息发布、市场销售等方面内容进行了修订，与《食品安全法》保持一致。
二是在农业投入品管理方面与有关法律法规紧密衔接。目前，在农业投入品管理方面已有《农药管理条例》《兽药管理条例》等法规出台，对农药、兽药等农业投入品的生产、经营、使用、监督管理有了明确规定。此次修订《农产品质量安全法》，对原法条中不相衔接的内容进行了统一修改，同时参考其他法规的处罚标准，进一步加大处罚力度，以体现“四个严”的要求。
三是在农产品产地等方面与《土壤污染防治法》衔接。农产品产地环境直接影响农产品质量安全。2019年1月1日正式实施的《土壤污染防治法》对农用地管理、废弃物回收等内容进行了规定，修订《农产品质量安全法》时应予充分借鉴、紧密衔接。例如，《土壤污染防治法》第五十四条规定，对于因污染导致不适宜特定农产品生产的，应由农业农村等部门提出划定特定农产品禁止生产区域的建议，报本级人民政府批准后实施。对此，修订草案对原法第十五条进行了相应修改。此外，在产地监测、废弃物回收等方面，也参照《土壤污染防治法》的表述进行了修改。
（五）突出绿色优质发展导向
一是鼓励发展优质农产品。推行农产品分等分级，鼓励发展安全优质绿色农产品公共品牌。目前，个体农户出售的农产品大多为散装，卖相较差，也不便于储藏和运输，装卸过程易造成损耗，农产品品种多而不优，农业品牌杂而不亮，农业体量大而不强的特征明显，难以实现优质优价。在推进农业高质量发展的新阶段，要把农产品的绿色优质放到更加突出的位置，建立农产品品质标准，实现分等分级，优质优价，并在此基础上鼓励农产品生产者发展安全优质绿色农产品公共品牌，加dapinpai保护力度。为此，修订草案新增了相应条款，规定国家鼓励行业协会、企业等主体及地方农业农村等部门制定农产品品质标准，推行农产品分等分级。
二是进一步加强农产品基地建设。现行《农产品质量安全法》对加强农产品基地建设已作出规定。但是，随着我国经济由高速增长阶段转变为高质量发展的新阶段，农业农村形势也发生了很大变化，广大人民群众对安全绿色优质农产品的需求越来越大。为此，修订草案在关于基地建设的法条中进行修改，删去不适宜的表述，明确提出加强生产基地等的建设，提高绿色优质农产品生产能力。