一是监管对象实现全覆盖。将个体农户、家庭农场等纳入法律调整范围，由原来只管企业和合作社，扩大到覆盖所有农产品生产经营主体。据统计，目前全国各级农业农村部门认定或备案家庭农场近60万户，在促进现代农业发展等方面发挥着重要作用。个体农户的生产体量虽不及其他主体，但是其数量较大生产水平较低，经营较为分散，一直以来都是监管的难点，而《农产品质量安全法》的违法责任中并无对个体农户和家庭农场等生产经营者的处罚规定。实践中，对于一些个体违法行为，大多依据《农药管理条例》、《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》等法规执行。因此，有必要在法律中明确将个体农户、家庭农场等纳入监管范围。此外，针对《农产品质量安全法》适用范围不明确的问题，修订草案在第三条对监管范围进行了明确规定。
二是强化生产经营主体责任制度。强化生产经营主体责任意识，要求其加强质量安全内控管理。现行《农产品质量安全法》未对生产经营者的主体责任进行明确规定，农产品生产经营者的主体责任被弱化。xijinping总书记提出“产出来”“管出来”重要指示，坚持产和管并重，实质是将农产品生产置于更加突出的地位，增强生产经营主体责任意识，落实主体责任，对其生产经营活动承担管理责任，对其生产经营的农产品承担安全责任，对其生产经营的农产品造成的人身、财产或者其他损害承担赔偿责任，对社会造成严重危害的，依法承担其他法律责任。因此，修订草案中明确农产品生产经营主体责任的同时，要求其加强生产经营过程控制，鼓励标准化生产，确保所生产的农产品质量安全风险可控、质量可靠。
三是坚持从严处罚。参照《食品安全法》的法律责任条款，提高罚款金额，增加行政拘留等处罚方式，强化与刑事司法衔接，提高违法成本。现行《农产品质量安全法》所设定的处罚额度大多为2000元以上20000元以下，且没有与违法所得挂钩，违法成本较低。修订草案按照“严厉的处罚”要求，整体提高了各类违法行为的处罚额度。同时考虑到农产品生产经营主体的差异性，对规模以上主体和个体农户的处罚力度进行了一定的区分，设置不同的处罚幅度。另外，也充分考虑与近年修订的有关法律法规所设置的处罚额度保持一致。对情节严重的违法犯罪行为，采取行政拘留、移送公安等处罚措施。
四是新增责任制度和约谈制度。细化部门的监管责任和地方政府属地管理责任，建立农产品质量安全监督管理责任制度，上级人民政府综合运用考核、奖励、惩戒等措施，督促下级人民政府履行农产品质量安全监督管理工作。对监管工作中失职失责、不作为、乱作为的，追究相关人员责任，涉嫌犯罪的，依法追究刑事责任。通过建立约谈制度，对生产经营中存在重大农产品质量安全风险隐患或未落实农产品质量安全责任的农产品生产者、经营者，县级以上人民政府农业农村主管部门可以对其法定代表人或主要负责人进行责任约谈，强化责任主体的法律责任意识和风险防范意识，推动建设服务型政府。
(二）加强源头治理和风险防范
一是建立农产品产地安全监测制度。农产品产地是农业生产的载体，是实施“从田间到餐桌”的全过程质量控制的重要环节。农产品产地的土壤、农用水容易受到农业投入品、工业排放等污染，一旦污染物进入农产品产地环境，就很难消除，会在土壤中富集，并随农作物根系进入植株，危害农产品质量安全，终影响人体健康和生命安全。2006年出台的《农产品产地安全管理办法》规定，县级以上人民政府农业行政管理部门应当建立健全农产品产地安全监测管理制度，加强农产品产地安全调查、监测和评价工作。为进一步加强农产品产地环境保护，从源头上保障农产品质量安全，修订草案将农产品产地安全监测制度上升为法律规定，并将产地安全与农产品质量安全的协同监测结果，作为特定农产品禁止生产区域划定的重要依据。
二是严格农业投入品管理。建立农业投入品追溯制度，鼓励研发推广使用低毒低残留农药兽药，科学指导农业投入品减量使用技术。兽药方面，从2015年开始推动电子追溯管理，按照原农业部公告第2210号要求，凡在我国市场销售的兽药产品，兽药生产企业应按规定时间在产品小销售包装单位上加印统一的兽药二维码标识，并在产品上市销售前，将产品生产和入库信息上传到国家兽药产品追溯系统。2016年7月1日起，未使用统一的兽药二维码标识和未上传产品信息的兽药不得上市销售。目前，90%以上的兽药产品已实现电子追溯。农药方面，《农药管理条例》第二十二条规定，农药标签应当按照国务院农业主管部门的规定，以中文标注农药的名称、剂型、有效成分及其含量、毒性及其标识、使用范围、使用方法和剂量、使用技术要求和注意事项、生产日期、可追溯电子信息码等内容。目前，农药产品已生成追溯码近31亿个。利用信息化手段，实施电子追溯码标识制度，形成功能完善、信息准确、实时在线的投入品查询和追溯管理系统，可以有效解决投入品“从哪里来，到哪里去”的问题，更好地对可能存在的违法行为进行打击，确保投入品和农产品的质量安全。
三是鼓励农业标准化生产。农业标准化是促进农业科技成果转化成生产力的有效途径。大力推进农产品标准化生产，对于保障农产品质量安全、推进农业供给侧结构性改革具有十分重要的意义。修订草案将引导、推广农产品标准化生产的实施主体扩大到县级以上人民政府，以更好鼓励引导各类生产经营主体推进农产品标准化生产。
（三）完善全程监管法律制度
一是修订与部门职责分工相关的条款。按照国务院机构改革和职能调整要求，明确农业农村、市场监管等部门的质量安全监管职责，建立无缝衔接、统一协调的监管体制。2013年党中央、国务院进一步改革完善我国食品安全监管体制，对农产品质量安全监管职能做了重新划分，农业部门负责食用农产品进入批发、零售市场和加工企业之前的监管，之后则由食药部门负责。十九届三中全会通过的《深化党和国家机构改革方案》，对国务院组成机构进行了调整，原农业部和食品药品监管总局承担的食用农产品质量安全监管职责相应调整到农业农村部和市场监管总局。本次修订，将对上述改革成果以法律形式固定，以保证农产品质量安全监管权责一致。
二是修订有关无公害农产品认证制度的条款。2001年，原农业部启动“无公害食品行动计划”，全面推进农产品质量安全监管工作。无公害农产品认证作为实施“无公害食品行动计划”的重要措施，在推进规模主体标准化生产、保障农产品质量安全方面发挥了重要作用，并写入现行《农产品质量安全法》。随着我国农业农村经济转向高质量发展阶段，同时《食品安全法》对食品安全标准作出新的规定，继续开展无公害农产品认证已不符合新时期农产品质量安全工作新要求。2017年，中办、国办印发《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》，提出改革无公害农产品认证制度。为贯彻落实文件要求和国务院“放管服”改革精神，农业农村部决定改革现行无公害农产品认证制度并积极推进相关工作。因此，修订草案删除原法第三十二条中关于无公害农产品标志的有关表述。