使用污泥可能引起的环境问题主要是重金属元素的污染。污泥中的铜、锌、锰、铁、硼、镁等是植物所需的微量元素，怛长期使用一种或几种这些元索含量很高的污泥时，土壤中这些元素的积累就会过量，从而对作物产生危害。污泥中还含有一些植物不需要的元索，如镉、铬、汞、镍、铅、砷，钒、钼、钴等，若盲目大量施用这种污泥，就会影响到植物的产量和质量，所以一般说来，污泥中对植物毒性较大的有铜、砷、镉、镍、汞等元索，Zui可能进入食物链的是镉、铜和锌。当然，不同的重金属元素的毒性也是不一样的，同一种重金属，由于化合价不同，毒性也不相同。如六价铬的毐性要比三价铬高几十倍。
不同种类的作物对于重金属离子的毒性的耐性和对金属的积累也不相同，一般来说，蔬菜和豆料作物对于重金属离子的耐性Zui差，像甜菜、萝卜、甘蓝、芥菜和西红柿对于重金属尤其的敏感；粮食作物居中；而草类耐性则比较强。同一作物对不同毒性元素的敏感性是各不相同的。如芹菜对过量的铜有异常的耐性，然而对锌和镍则很敏感。同一种植物不同部位对重金属积累的差异也很大，一般一来是根>茎>叶>籽实。但也有例外，如胡萝卜和甜菜等食用根中，重金属含量比叶子要低一些。植物相同部位又以老组织含量较多而幼嫩的组织含量较少。如砷、铬等元素，当它们在土壤中的含量可导致作物中毐，影响生长时，虽然根中的含量也很高，但在籽粒中却很低，—般仍在食品卫生允许范围内。避免污泥施肥污染环境，应该严格控制含重金属的工业废水的排放。对污泥进行定期监测，超标者严禁使用。用于农田污泥必须事先经过消化、沼气发酵或堆肥发酵等处理方法。以便杀死污泥中的虫卵和病原菌，提高污泥肥效。
