在跨境电子商务普及的背后，突出了跨境物流的滞后性。与快速、高效、低价的国内物流相比，跨境物流的主要问题是配送速度慢，不支持退货、包装损失、跨境物流清关障碍，整个包装难以跟踪。
国内快递时间长，国内快递时间慢，基本上可以实现第二天甚至当天到达，省外2~3天，偏远地区不到一周。快速高效的国内物流支持着国内电子商务的快速发展。由于跨境物流覆盖范围大，邮政及时性不同，跨境物流时间跨度大，不确定性大。例如，中国邮政包装在俄罗斯的交付时间约为30天，而在巴西、智利和其他南美国家的交付时间超过60天。跨境物流长达一周、两周甚至几个月，一方面极大地考验了海外用户的耐心，另一方面，由于运输时间长、储存不当，奶粉、牛奶等食品也可能恶化，不仅会给供应商带来损失，还会影响消费者的购物体验。
跨境电子商务中70%以上的货物被邮政包裹发送。目前，国内中小型跨境电子商务企业对主要邮政包裹寄售货物的限制相对严格。例如，仿制品牌、液体、粉末、移动电源、纯电池等违禁品和危险品都受到邮政包裹的限制。例如，中国的邮政包裹不能分发粉末、液体和带电池的商品。在中国流行的移动电源、手表、手电筒、胶水和其他商品很难找到可以分发的邮政包裹，而且仍有被海关禁止的风险。分销成本很高。
在跨境物流中，物流成本高的是UPS、Fedex、DHL、TNT等四大国际商业快递，从几百到几千不等，这让中小卖家望而却步。除非客户强烈要求及时性，否则一般不会使用。二是专线物流。专线物流成本低于国际商业快递，但仍远高于邮政小包，收款范围有限。成本低的是邮政小包，但每个邮政小包的报价基本在100元/公斤以上。加上注册费，1公斤商品的运费可能高达120元以上。与国内快递（1公斤）运费一般不超过20元的价格相比，跨境物流成本太高。
近年来，随着国内电子商务物流业的快速发展，包裹的实时跟踪和查询已经基本实现，消费者可以随时了解物流的新趋势。跨境物流包括国内外部分。许多包裹在中国都有详细的跟踪信息，但一旦出境，就很难跟踪。跨境物流状态跟踪信息更新缓慢，难以掌握包裹的新趋势。同时，从包装到商品的终交付给客户的跨境电子商务物流往往需要多次转移，容易损坏和丢失包裹。这不仅会给客户带来糟糕的购物体验，而且还会让卖家经常遭受损失。1.5在电子商务交易中很难实现退货和交换，而且往往不可避免地存在退货和交换问题。在中国，退货和交换不仅耗时短，而且成本低。然而，跨境物流无论是邮政包裹、商业快递还是专线物流，都难以支持以下三个原因：
（1）跨境物流本身的配送时间较长。如果再次交换和重新配送，所需时间可能长达几个月，时间太长，难以忍受；
(2)反向物流成本高。退换货时，买方从国外发回货物的运费很高，可能超过货物本身的价值，这使得卖方往往不得不弃货；
（3）对于企业来说，退货和交换实际上是一种进口行为，可能会被中国海关检查，甚至支付一定的关税。因此，在跨境电子商务中很难实现退货和交换。除上述问题外，跨境物流还存在国内外清关问题。随着海关对走私等违法行为的调查和处罚越来越严格，跨境物流面临着更大的风险。
