解决加工贸易内销“转厂”出口不退税的问题
以往利用加工贸易手册“转厂”的，出口方不能办理退税，海关不予签发“出口退税联”，而通过出口到东莞保税物流区，视同出境，海关签发“出口退税联”，进口方用手册保税进口或一般贸易征税报关进口，当天可完成进口出口报关，这种方式俗称“境内一日游”，而且时效快，不影响企业的生产。
5、解决减少进境仓储费用及国际中转问题
可解决企业因进口原料为杂散货物或国际中转货物低成本入仓问题，在我国对外贸易中对于杂散货物或国际中转货物，企业往往会先在香港入仓，待货物齐全或拼柜后再报关进入国内或转口其他国家，这样在香港停留时间长，入仓等费用比较高，而选择直接进口到虎门港东莞保税物流中心，境处进区实际保税（进入物流中心不征税），而且入仓等费用低，同样可办理拼柜报关进入国内或转口其他国家，
三、解决企业提前退税问题
因保税物流中心具有境内关外特点，入区视同出口，企业可将已生产好的产品提前出口至东莞保税物流中心入仓，出口入仓后海关签发“出口退税联”，待客户交期到了再提仓出口，这样可解决出口退税提前办理，盘活企业的资金运转问题。
