东莞公司申请莲塘口岸的FV车牌，可以按照以下步骤进行：
了解申请条件：
企业类型：申请人必须是已在广东省（包括东莞）登记的企业，包括国有企业、集体企业、民营企业或私营企业。
纳税额要求：申请企业需证明其连续三年（含申办当年）的纳税额累计达到100万元人民币以上。
其他条件：如注册资本、年销售额、资产总额等可能也是考虑因素，具体要求需参考Zui新政策。
准备申请材料：
《粤港澳机动车辆往来及驾驶人驾车业务申请表》。
企业法人营业执照及其副本。
企业完税凭证，证明企业的纳税情况。
企业机动车的《中华人民共和国机动车行驶证》及《中华人民共和国机动车登记证书》，且车辆所有人须与申请公司一致。
驾驶人的相关证件，包括《中华人民共和国居民身份证》（复印件）、香港驾驶执照（复印件）、《中华人民共和国机动车驾驶证》（复印件）。
如果驾驶人需要往来港澳，还需提供《往来港澳通行证》，且通行证须有该公司多次往返的商务签注，且备案单位应与申请企业名称一致。
其他可能需要的材料，如投资批准证书、公司商事登记资料等。
在线申请：登录广东省公安厅交通管理局政务服务网网上办事大厅，填写相关资料并提交申请。
等待审核并缴纳费用：提交申请后，等待审核结果。审核通过后，按照规定缴纳相关费用，包括车牌购买费用、保险费用等。
办理手续并领取车牌：携带相关材料到指定的交通管理部门办理FV中港两地车牌的手续，包括领取车牌、办理过户等。审核通过后，即可领取中港两地车牌。
请注意，FV车牌指标值有效期限仅有5年，在5年期满以后，需要按照相应的办理条件为指标值办理延期。超出三年延期限期的FV车牌指标值可能会被撤销。
另外，政策可能随时调整，建议在申请前仔细阅读相关政策法规，并咨询相关部门或专业机构以获取Zui新、Zui准确的信息。同时，确保所有提交的材料真实、准确、完整，以免影响申请进程。
