建筑装饰工程必须与各专业工种间制定严格的施工程序，一般依次为：留洞打底、各专业安装、内门窗安装、修补洞口及周边、基层打底、饰面抹灰和罩面板工程、嵌缝处理、油漆刷浆工程和裱糊工程。在洁净无菌室建筑装饰施工过程中，必须随时清扫灰尘，对隐藏空间（如吊顶和夹墙内部等）还应做好清扫记录。应保护已完成的装饰工程表面，不得因撞击、敲打、踩踏、多水作业等造成板材凹陷、暗裂和表面装饰的污染。对已安装高效过滤器的房间，不得进行有粉尘的作业。塑料板材或卷材面层铺贴前应预先按规格大小、厚薄分类，板材或卷材与地面之间应满涂粘接剂、表面赶平，不得漏涂或残存空气。密封胶嵌固前，应将基槽内的杂质、油污剔除干净，并保持表面干燥。洁净无菌室临时设置的设备入口不用时应封闭，防止尘土杂物进入。施工现场应保证良好的通风和照明。对于改建工程，应查明和切断原有电源后方可施工。对工艺生产过程中使用的腐蚀性液体应有安全防护措施。装配式洁净无菌室的安装
装配式洁净无菌室的安装，应在装饰工程完成后的室内进行。室内空间必须清洁、无积尘，并在施工安装过程中对零件和场地随时清扫、擦净。 施工安装时，应进行吊挂、锚固件等与主体结构和楼面、地面的联结件的固定。地面面层必须平整，其不平整度不应大于0.1%。在做卷材面层或涂料面层时应考虑与垂直壁板交接处的密封。壁板安装前必须严格放线，墙角应垂直交接，防止累积误差造成壁板倾斜扭曲，壁板的垂直度偏差不应大于0.2%。吊顶应按房间宽度方向起拱，使吊顶在受荷载后的使用过程中保持平整。吊顶周边应与墙体交接严密。安装过程中不得撕下壁板表面塑料保护膜，禁止撞击和踩踏板面。各种构配件和材料应存放在有围护结构的清洁、干燥的环境中，平整地放置在防潮膜上。构配件和材料的开箱启封应在清洁环境中进行，应严格检查其规格性能和完好程度，不合格或已损坏的构配件严禁安装。装配式洁净无菌室的安装缝隙，必须用密封胶密封。