东莞医疗器械经营备案凭证的申请材料主要包括以下内容：
营业执照和组织机构代码证复印件：确保公司合法经营并具备相应的组织机构。
法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或职称证明复印件：证明相关人员的身份和资质。
组织机构与部门设置说明：详细描述企业的组织结构和各部门职能。
经营范围、经营方式说明：明确企业的经营范围和经营方式，确保符合相关法规要求。
经营场所、库房地址的地理图、平面图、房屋产权证明文件或租赁协议（附房屋产权证明文件）复印件：证明经营场所和库房的合法性和符合性。
经营设施、设备目录：列明企业所拥有的经营设施和设备，确保满足经营需要。
经营质量管理制度、工作程序等文件目录：提供企业的质量管理体系文件，包括质量管理制度、工作程序等。
其他证明材料：根据具体情况可能需要提供的其他相关证明材料。
对于医疗器械注册代办，您可以寻找专业的代办机构或咨询公司来协助完成。代办机构或咨询公司通常具有丰富的经验和专业知识，可以帮助您准备和提交注册申请，以及处理与监管机构的沟通和协调。在选择代办机构或咨询公司时，建议您考虑其经验、资质、服务内容和价格等因素，并与其进行详细的沟通，确保代办服务能够满足您的需求。