在东莞办理二类医疗器械欧盟CE认证的要求包括以下几个方面：
符合相关法规和指令：医疗器械必须符合欧盟的相关法规和指令，包括MDD（医疗器械指令）、IVDD（体外诊断医疗器械指令）等。这些法规和指令规定了医疗器械的设计、制造、测试、销售和使用等方面的要求。
符合技术要求：医疗器械必须满足欧盟的技术要求，包括安全性、性能、可靠性等方面。制造商需要提供充分的技术文档和证明文件，以证明产品符合相关标准和规定。
建立质量管理体系：制造商必须建立有效的质量管理体系，以确保医疗器械产品的质量、安全性和符合相关法规要求。质量管理体系必须经过第三方认证机构的审核和认证。
符合公告机构要求：制造商必须选择一个公告机构（NotifiedBody），该机构将对医疗器械产品进行符合性评估和审核，并颁发CE证书。公告机构必须是欧盟认可的机构，具有相关领域的专业知识和经验。
符合标签和文档要求：医疗器械必须具有适当的标签和文档，以标识产品、提供产品信息和使用说明。标签和文档必须使用欧盟官方语言，并符合相关法规和指令的要求。
至于二级医疗器械许可证的办理，可以按照以下步骤进行：
准备申请材料：根据所在国家和地区的法规要求，准备申请二级医疗器械许可证所需的材料，包括产品技术文档、质量管理体系文件、生产设施和设备清单等。
提交申请：将准备好的申请材料提交给所在国家和地区的医疗器械监管机构。
审核与现场检查：监管机构对申请材料进行审核，必要时进行现场检查，以确保产品符合相关标准和规定。
批准与注册：如果审核和现场检查通过，监管机构会颁发二级医疗器械许可证或者进行产品注册。