东莞申请三类医疗器械经营许可证需要准备以下材料清单：
申请报告：包括企业基本情况、拟经营产品范围、拟经营期限等。
工商行政管理部门出具的《企业名称预先核准通知书》或《工商营业执照》复印件。
经营场地、仓库的地理位置图、平面图，房屋产权证明文件或租赁协议复印件。
经营设施和设备目录。
企业质量管理人员名单，包括姓名、职务、职称等。
企业拟经营产品列表，包括产品名称、规格、型号、用途等。
企业质量管理文件目录，包括质量管理制度、工作程序等文件目录。
其他证明材料，如企业获得的荣誉证书、质量认证证书等。
在申请三类医疗器械经营许可证时，需要注意以下几点：
申请资料应完整、准确、清晰，使用A4纸打印或复印，并按顺序装订成册。
申请表填写应真实、准确、完整，并由企业法定代表人或负责人签字。
申请资料应符合国家相关法律、法规和规章要求，确保申请合法有效。
应在提交申请前准备好所有资料，以免影响申请进度。
申请过程中如有问题，应及时与当地食品药品监管部门联系并获得指导。
三类医疗器械许可证申请流程如下：
申请人向所在地设区的市级食品药品监督管理部门提出申请，提交所需材料。
受理部门对申请材料进行形式审查，符合要求的予以受理；不符合要求的一次性告知需要补正的全部内容，并退回申请资料，本次申请终止。
受理部门对申请材料进行实质审查，符合规定的条件且材料齐全的，准予行政许可；不符合规定条件或者材料不齐全的，不予行政许可，并说明理由。
行政许可决定由受理部门送达申请人，并在法定时限内办结。
许可证制作完成后送达申请人，并通知申请人领取医疗器械经营许可证。
企业应当在领取许可证之日起90日内，向所在地县级食品药品监督管理部门报到。