在体系运行期间，为审查组织的环境管理活动是否已按环境管理体系文件的规定进行，环境管理体系是否得到了正确的实施和保持，为确定体系的持续适用性、充分性、有效性，组织应组织内部审核和管理评审。
贯穿这些工作始终的另一项重要工作是全员培训。建立和实施环境管理体系强调全员参与。建立和实施环境管理体系的任何一个环节，都有赖于全体人员共同努力，任何一个员工都不可能游离于体系之外，为使他们都能理解并以实际行动支持体系的建立和运行，组织必须进行充分的培训，内容从ISO14001标准，到环境方针，到适用法律法规，到个人职责，到重要环境因素，到体系文件，到作业指导书，到运行记录……
如果组织在建立和实施体系的过程中，需要人员培训和技术支持，可以向环境管理体系咨询机构寻求帮助。按照我国规定，ISO14001环境管理体系咨询机构必须在国家环保总局科技司注册备案。
第二阶段，认证取证阶段。
经过内审和管理评审，组织如果确认其环境管理体系基本符合ISO14001标准要求，对组织适用性较好，且运行充分、有效，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可委员会认可有认证资格的认证机构提出认证申请并签定认证合同，进入ISO14001环境管理体系认证审核阶段。
认证审核是认证机构受组织委托，以第三方身份对组织的环境管理体系与ISO14001环境管理体系标准的符合性和运行、保持的有效性进行审核验证，并确定是否向组织发放认证证书的过程。
为接受认证机构的认证审核，组织应做好充分准备，保持体系有效运行。认证机构会派出审核组，审核组将对组织实施认证审核。认证审核包括第1阶段审核和第二阶段现场审核。在组织完成第二阶段现场审核开具的不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准组织的认证注册和颁发认证证书。
认证证书有效期三年，三年内，组织要多次接受机构的监督审核；三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同第1次认证取证。
