PEI,商品名称聚乙烯亚胺，是一种碱性阳离子聚合物大量用于纺织和造纸工业。PEI是通过乙烯亚胺的聚合作用得到的碱性多聚体。结构式CH3CH2N--(-CH2CH2-NH-)n-CH2CH2NH2.经典n值为700-2000，相应的聚合物分子质量为30000-90000Da。因为氨基的pKa值为10-11，所以在中性PH溶液中PEI带正电荷。
认为PEI是可溶的DEAE纤维素。PEI可结合带负电荷的大分子，如核酸和酸性蛋白，进而形成PEI的网状结构，随后结合的酸性分子会快速形成沉淀。酸性蛋白质是否可与PEI结合取决于盐溶液的浓度。在较低盐浓度时（0.1mol/LNaCl），微酸性蛋白质会与PEI结合形成沉淀，但在中等盐浓度时（0.4mol/LNaCl），它可以从多聚体上被洗脱下来，变得可溶。强酸性蛋白质在低盐浓度时会与PEI结合，但在中等浓度不会溶解，高盐浓度（0.9mol/LNaCl）时才能被洗脱下来。应该注意的是，当蛋白质从PEI颗粒上被洗脱下来时，蛋白质和PEI本身都会变得可溶。所以在返回到低盐浓度前，需要将PEI从蛋白质中去除。
PEI的沉淀使用策略：
1、在高盐浓度（1mol/L NaCl）采用PEI沉淀。该方法会沉淀核酸，同时几乎所有的蛋白质留存在上清液中。
2、目标蛋白为中性和碱性蛋白质时，在0.1mol/L的NaCl条件下采用PEI沉淀，可以去除酸性蛋白质和核酸。同时目标蛋白质留存在上清液中。
3、目标蛋白质为强酸性蛋白质时（E.Coli RNA聚合酶），a、先用低浓度盐溶液（0.1mol/LNaCl）沉淀所有酸性蛋白质和核酸；b、用中浓度的盐溶液（0.4mol/L）溶解去除微酸性溶液c：用高浓度盐溶液（0.9mol/LNaCL）溶解核酸和强酸性蛋白质；d：硫酸铵沉淀强酸性蛋白。